2009年9月4日，全國高新技術企業認定管理工作領導小組第二次會議在北京召開。領導小組組長、科技部萬鋼部長，領導小組副組長、財政部王軍副部長和稅務總局王力副局長出席會議。會議由領導小組副組長、科技部杜占元副部長主持，領導小組全體成員參加了本次會議。
　　在此次會議上，領導小組辦公室主任梁桂向領導小組做《高新技術企業認定管理工作報告》。在聽取工作報告后，王軍副部長、王力副局長對去年的認定管理工作表示肯定，認為高新技術企業政策導向正確，成效顯著。下一步的工作重點應加大對政策的宣傳力度，爭取各方面的理解與支持。要加強認定工作的制度化建設，加強監管與培訓，爭取認定管理工作再上新臺階。
　　萬鋼部長做了總結講話。他首先肯定了科技、財政、稅務三部門的聯合工作機制和高新技術企業認定管理工作一年來所取得的成績，并感謝財政部和稅務總局對這項工作的大力支持。萬部長強調，高新技術企業政策關系企業切身利益和國家長遠發展，2008年的認定管理工作時間緊、任務重，又恰逢國際金融危機，全國高新技術企業領導小組辦公室和各地方認定機構頂住壓力，較好地完成了2008年的工作，篩選出了一大批具有較強研發能力和創新能力的企業，并使其享受到了稅收優惠政策，這充分說明三部門的聯合工作機制卓有成效。
　　萬部長總結概括了新的高新技術企業政策的重要作用：一是為企業提供了“兩個動力”，即促進高新技術企業發展的動力和減少企業負擔的動力；二是經過一年的實施，新的高新技術企業政策取得了“兩個成果”，即提升了高新技術企業的創新能力和營利能力，同時初步發揮出了稅收優惠政策帶來的稅收增長杠桿效應；三是新的高新技術企業認定管理工作需要正視“兩個壓力”，即經濟下行的壓力和各方面需求的壓力；四是在今后的認定管理工作中要繼續堅持“兩個原則”，即堅持結構調整的原則和保障稅收的原則。萬部長對下一步工作做出指示，一是要加強對政策的宣傳力度，二是啟動對2008年的檢查工作，三是著手進行政策的完善工作。