自上世紀八十年代開始，財政部、國家稅務總局、國家外匯管理局單獨或聯合下發了多個文件，從稅收管理、對外支付及享受稅收協定待遇等方面對非居民企業從事國際運輸業務進行了規范。隨著2008年實施新的企業所得稅法，有關國際運輸涉及的非居民企業納稅義務和管理規定發生了較大變化，原來的很多規定不能適應當前稅收管理工作的需要。為此，我局草擬了《非居民企業從事國際運輸業務稅收管理暫行辦法》（以下簡稱《辦法》）。《辦法》分五章23條，分別為總則（1-4條）、征收管理（5-10條）、享受稅收協定待遇管理（11-15條）、跟蹤管理（16-19條）和附則（20-23條）。主要包括非居民企業從事國際海運業務、國際空運業務涉及的企業所得稅的管理，從稅務登記、征收管理、享受協定待遇及跟蹤管理等環節做出了具體規定，主要內容如下：
　　一、明確了非居民企業從事國際運輸業務的稅收管理范圍
　　辦法所稱從事國際運輸業務是指非居民企業以自有或者租賃的船舶、飛機、艙位，運載旅客、貨物或者郵件等進出中國境內口岸的經營活動，含相關裝卸、倉儲等附屬業務，并明確了以程租、期租、濕租的方式出租船舶、飛機取得收入的經營活動也屬于國際運輸業務。
　　二、稅務登記管理
　　非居民企業從事國際運輸勞務，按照總局發布的《非居民承包工程和提供勞務稅收管理暫行辦法》（國家稅務總局令2009年第19號）的規定，在中國境內承包工程和提供勞務的非居民企業，均應辦理稅務登記。
　　鑒于非居民企業可能會在國內多個口岸開展國際運輸業務，為方便納稅人，同時便于稅務機關對同一納稅人集中管理，納稅人可自行選擇一處業務發生地辦理稅務登記即可。當在其他業務口岸發生業務時，只需向業務發生地主管稅務機關報送稅務登記復印件及相關業務資料即可。
　　三、明確由支付人扣繳稅款的規定
　　為便于管理，辦法中明確未辦理稅務登記或未據實申報的非居民企業，由向其直接支付運費的支付人為扣繳義務人，包括境內委托方、貨代公司等。
　　四、關于企業所得稅征收管理的規定
　　企業所得稅申報征收采取據實申報、核定征收、指定扣繳三種方式：設立賬簿且能夠準確計算應納稅所得額的非居民企業應當自行申報繳納企業所得稅；不能準確計算并據實申報其應納稅所得額的非居民企業采取核定征收的辦法；未辦理稅務登記且未自行申報和未委托代理人申報的非居民企業由支付人按次支付運費時扣繳稅款。
　　五、關于享受稅收協定待遇的管理
　　（一）非居民企業需要享受稅收協定待遇的，應提供締約國稅務主管當局出具的居民身份證明及復印件或者由締約國航運主管部門出具的法人證明文件及復印件，包括注冊地或實際管理機構所在地國家出具的居民身份證明，并按照規定提交資料，并同時向其他業務口岸主管稅務機關報告協定待遇備案情況，其程序遵從了《非居民享受稅收協定待遇管理辦法（試行）》（國稅發[2009]124號）的相關規定。
　　辦法第十二條列明了申請享受協定待遇需要提報的資料，并規定對已經向主管稅務機關報送的，不再重復報送，減輕了納稅人負擔，優化了納稅服務。
　　享受稅收協定待遇的實際承運人，為經我國有關部門批準取得經營資格并載運旅客、貨物進出中國境內口岸的非居民企業。非居民企業申請享受稅收協定待遇的國際運輸收入依據協定規定包括客運收入、貨運收入及其附屬收入。
　　（二）若稅收協定涉及增值稅、營業稅等企業所得稅以外的稅種，其程序遵從本辦法的規定。
　　六、其他事項
　　本辦法自2014年8月1日起施行，自本辦法生效后發生的國際運輸業務按照本辦法的規定執行。非居民企業在本辦法施行之日前已經辦理享受稅收協定待遇審批、備案或免稅證明等相關手續的，視同已按本辦法第十二條第一款規定備案，在本辦法第十二條第三款規定的時限內無需再重新辦理，待執行到期后再按照本辦法規定辦理。