自上世紀(jì)八十年代開始，財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局、國(guó)家外匯管理局單獨(dú)或聯(lián)合下發(fā)了多個(gè)文件，從稅收管理、對(duì)外支付及享受稅收協(xié)定待遇等方面對(duì)非居民企業(yè)從事國(guó)際運(yùn)輸業(yè)務(wù)進(jìn)行了規(guī)范。隨著2008年實(shí)施新的企業(yè)所得稅法，有關(guān)國(guó)際運(yùn)輸涉及的非居民企業(yè)納稅義務(wù)和管理規(guī)定發(fā)生了較大變化，原來的很多規(guī)定不能適應(yīng)當(dāng)前稅收管理工作的需要。為此，我局草擬了《非居民企業(yè)從事國(guó)際運(yùn)輸業(yè)務(wù)稅收管理暫行辦法》（以下簡(jiǎn)稱《辦法》）。《辦法》分五章23條，分別為總則（1-4條）、征收管理（5-10條）、享受稅收協(xié)定待遇管理（11-15條）、跟蹤管理（16-19條）和附則（20-23條）。主要包括非居民企業(yè)從事國(guó)際海運(yùn)業(yè)務(wù)、國(guó)際空運(yùn)業(yè)務(wù)涉及的企業(yè)所得稅的管理，從稅務(wù)登記、征收管理、享受協(xié)定待遇及跟蹤管理等環(huán)節(jié)做出了具體規(guī)定，主要內(nèi)容如下：
　　一、明確了非居民企業(yè)從事國(guó)際運(yùn)輸業(yè)務(wù)的稅收管理范圍
　　辦法所稱從事國(guó)際運(yùn)輸業(yè)務(wù)是指非居民企業(yè)以自有或者租賃的船舶、飛機(jī)、艙位，運(yùn)載旅客、貨物或者郵件等進(jìn)出中國(guó)境內(nèi)口岸的經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，含相關(guān)裝卸、倉(cāng)儲(chǔ)等附屬業(yè)務(wù)，并明確了以程租、期租、濕租的方式出租船舶、飛機(jī)取得收入的經(jīng)營(yíng)活動(dòng)也屬于國(guó)際運(yùn)輸業(yè)務(wù)。
　　二、稅務(wù)登記管理
　　非居民企業(yè)從事國(guó)際運(yùn)輸勞務(wù)，按照總局發(fā)布的《非居民承包工程和提供勞務(wù)稅收管理暫行辦法》（國(guó)家稅務(wù)總局令2009年第19號(hào)）的規(guī)定，在中國(guó)境內(nèi)承包工程和提供勞務(wù)的非居民企業(yè)，均應(yīng)辦理稅務(wù)登記。
　　鑒于非居民企業(yè)可能會(huì)在國(guó)內(nèi)多個(gè)口岸開展國(guó)際運(yùn)輸業(yè)務(wù)，為方便納稅人，同時(shí)便于稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)同一納稅人集中管理，納稅人可自行選擇一處業(yè)務(wù)發(fā)生地辦理稅務(wù)登記即可。當(dāng)在其他業(yè)務(wù)口岸發(fā)生業(yè)務(wù)時(shí)，只需向業(yè)務(wù)發(fā)生地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送稅務(wù)登記復(fù)印件及相關(guān)業(yè)務(wù)資料即可。
　　三、明確由支付人扣繳稅款的規(guī)定
　　為便于管理，辦法中明確未辦理稅務(wù)登記或未據(jù)實(shí)申報(bào)的非居民企業(yè)，由向其直接支付運(yùn)費(fèi)的支付人為扣繳義務(wù)人，包括境內(nèi)委托方、貨代公司等。
　　四、關(guān)于企業(yè)所得稅征收管理的規(guī)定
　　企業(yè)所得稅申報(bào)征收采取據(jù)實(shí)申報(bào)、核定征收、指定扣繳三種方式：設(shè)立賬簿且能夠準(zhǔn)確計(jì)算應(yīng)納稅所得額的非居民企業(yè)應(yīng)當(dāng)自行申報(bào)繳納企業(yè)所得稅；不能準(zhǔn)確計(jì)算并據(jù)實(shí)申報(bào)其應(yīng)納稅所得額的非居民企業(yè)采取核定征收的辦法；未辦理稅務(wù)登記且未自行申報(bào)和未委托代理人申報(bào)的非居民企業(yè)由支付人按次支付運(yùn)費(fèi)時(shí)扣繳稅款。
　　五、關(guān)于享受稅收協(xié)定待遇的管理
　　（一）非居民企業(yè)需要享受稅收協(xié)定待遇的，應(yīng)提供締約國(guó)稅務(wù)主管當(dāng)局出具的居民身份證明及復(fù)印件或者由締約國(guó)航運(yùn)主管部門出具的法人證明文件及復(fù)印件，包括注冊(cè)地或?qū)嶋H管理機(jī)構(gòu)所在地國(guó)家出具的居民身份證明，并按照規(guī)定提交資料，并同時(shí)向其他業(yè)務(wù)口岸主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)告協(xié)定待遇備案情況，其程序遵從了《非居民享受稅收協(xié)定待遇管理辦法（試行）》（國(guó)稅發(fā)[2009]124號(hào)）的相關(guān)規(guī)定。
　　辦法第十二條列明了申請(qǐng)享受協(xié)定待遇需要提報(bào)的資料，并規(guī)定對(duì)已經(jīng)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送的，不再重復(fù)報(bào)送，減輕了納稅人負(fù)擔(dān)，優(yōu)化了納稅服務(wù)。
　　享受稅收協(xié)定待遇的實(shí)際承運(yùn)人，為經(jīng)我國(guó)有關(guān)部門批準(zhǔn)取得經(jīng)營(yíng)資格并載運(yùn)旅客、貨物進(jìn)出中國(guó)境內(nèi)口岸的非居民企業(yè)。非居民企業(yè)申請(qǐng)享受稅收協(xié)定待遇的國(guó)際運(yùn)輸收入依據(jù)協(xié)定規(guī)定包括客運(yùn)收入、貨運(yùn)收入及其附屬收入。
　　（二）若稅收協(xié)定涉及增值稅、營(yíng)業(yè)稅等企業(yè)所得稅以外的稅種，其程序遵從本辦法的規(guī)定。
　　六、其他事項(xiàng)
　　本辦法自2014年8月1日起施行，自本辦法生效后發(fā)生的國(guó)際運(yùn)輸業(yè)務(wù)按照本辦法的規(guī)定執(zhí)行。非居民企業(yè)在本辦法施行之日前已經(jīng)辦理享受稅收協(xié)定待遇審批、備案或免稅證明等相關(guān)手續(xù)的，視同已按本辦法第十二條第一款規(guī)定備案，在本辦法第十二條第三款規(guī)定的時(shí)限內(nèi)無需再重新辦理，待執(zhí)行到期后再按照本辦法規(guī)定辦理。